Die Relikte des Jurameers sind vor allem in der Fränkischen Schweiz und im Altmühltal landschaftsprägend. Dort geht der Filmautor auf eine Expedition in die unbekannten Tiefen der Mühlbachquellhöhle, der größten bekannten Flusshöhle Bayerns.

Die vulkanischen Basaltsäulen der Rhön, die Sandachse Unterfrankens mit ihrer wüstenhaften Lebenswelt, die Granitlabyrinthe des Bayerischen Waldes oder der Nördlinger Asteroidenkrater mit seinen artenreichen Trockenrasen sind weitere Beispiele besonderer bayerischer Landschaften.

Bayerns Naturdenkmäler sind Zeitzeugen. Sie beweisen, dass die Naturgeschichte Bayerns seit Jahrmillionen in ständigem Wandel ist, und erlauben einen überraschenden Blick auf den Werdegang der Landschaften Bayerns. Der heutige Zustand dieser Denkmäler ist aber nur eine Momentaufnahme des Zusammenspiels der Elemente.